Bản thảo có kích thước 23,5 nhân 16,2 nhân 5 xentimét (9,3 nhân 6,4 nhân 2,0 in), với hơn hai trăm trang giấy da phân thành 18 tay sách, tổng cộng bản thảo có khoảng 240 trang, nhưng số trang chính xác phụ thuộc vào việc các tờ gập bất thường được tính như thế nào.[9] Các tay sách được đánh số từ 1 đến 20 ở các vị trí khác nhau, sử dụng các chữ số phù hợp với thế kỷ 15. Ở góc phải đầu mỗi trang tay phải có đánh số 1 tới 116, sử dụng các chữ số có niên đại muộn hơn. Từ những chỗ bị gián đoạn trong việc đánh số tại các tay sách và các trang người ta đoán rằng trong quá khứ thì bản thảo đầy đủ có ít nhất 272 trang chia thành 20 tay sách, vài trang trong số đó đã bị mất trước khi Wilfrid Voynich có được bản thảo năm 1912.[7] Có bằng chứng cho thấy nhiều tờ gập đôi của bản thảo đã bị hoán đổi vị trí nhiều lần trong lịch sử của nó, và vị trí gốc có thể rất khác so với ngày nay.[10][11]

Theo phân tích, bút lông ngỗng và mực sắt mụn cây được dùng để viết và vẽ đường viền các hình minh họa; sơn màu được tô thêm (hơi thô) vào hình, có lẽ là sau đó.[11]

Tuy là bản thảo chép tay song các nhà khoa học khẳng định rằng, không có một lỗi chính tả hay gạch xóa trong bản thảo Voynich. Điều đó chứng tỏ tác giả cuốn sách đã cân nhắc rất kĩ lưỡng trước khi đặt bút. Chủ đề trong cuốn sách cũng đa dạng, phong phú với nhiều hình ảnh về các lĩnh vực chiêm tinh, y khoa, sinh vật… Nhiều người cho rằng, đây có thể là tác phẩm của các tu sĩ dòng Phan-xi-cô và nhà bác học đại tài Roger Bacon.